به  موجب جز 13 از بند ب ماده 9 معافیت‌های قانون ارزش افزوده 1400، "خدمات حمل و نقل (اعم از بار و مسافر) درون شهری و برون شهری و بین المللی جاده‌ای، ریلی و دریایی از شمول مالیات و عوارض بر ارزش افزوده معاف می‌باشد."

این بند با رویکرد حمایت از سرمایه گذاری، رفع موانع و ایجاد انگیزه در بخش حمل و نقل جاده ای برای تجهیز و مدیریت ناوگان مورد تصویب قرار گرفت. شرکت‌های حمل و نقل برای هر جابه جایی مکلف به صدور سند بارنامه می باشند که از سوی وزارت راه و شهرسازی در اختیار متصدی حمل و نقل قرار می‌گیرد، لذا صدور بارنامه از لوازم فعالیت متصدی حمل و  نقل است و می بایستی مشمول اطلاق جز 13 بند ب ماده 9 قانون مالیات بر ارزش افزوده سال 1400 باشد و  سازمان راهداری و حمل و نقل جاده ای، أخذ مالیات بر ارزش افزوده توسط شرکت‌های حمل و نقل را تخلف و مشمول جریمه دانست و سامانه وزارت راه به گونه ای طراحی شد که شرکت‌های حمل و  نقل امکان أخذ مالیات از کارمزدهای صدور بارنامه را نداشته باشند. لیکن سازمان امور مالیاتی و ادارات تابعه صرفاً حمل و نقل را مشمول معافیت دانسته و اعلام نمودند که معافیت مالیاتی مذکور قابل تسری به خدمات جانبی حمل و نقل از جمله صدور بارنامه نمی‌باشد و نسبت به مطالبه مالیات بر ارزش افزوده از کارمزد دریافتی شرکت‌های حمل و نقل که بابت بارنامه‌ها صادر می نمایند؛ اقدام صورت گرفت و مشکلات برای فعالان این حوزه ایجاد شد.

در راستای حل مشکل فعالان اقتصادی این حوزه و به درخواست کمیسیون حمل و نقل اتاق ایران و شوراهای گفت و گوی دولت و بخش خصوصی استانی، این موضوع در کارگروه شورای گفت و گوی دولت و بخش خصوصی در وزارت اقتصاد و نشست کمیته حمایت از کسب و کار در بهمن ماه 1403 مطرح و مقرر شد تا استفساریه مبنی بر معافیت مالیات بر ارزش افزوده کارمزد دریافتی از صدور بارنامه شرکت های حمل و نقل از مجلس شورای اسلامی أخذ گردد.

 در نهایت طرح استفساریه در مجلس شورای اسلامی مطرح و مورد تصویب قرار گرفت و شورای نگهبان در جلسه 1404/02/24 تایید نمود که مصوبه مجلس مغایر با موازین شرعی و قانون اساسی نمی باشد و بدین ترتیب مشکل فعالان اقتصادی مرتفع گردید.